Tác dụng phụ theo tỷ lệ mắc: [1][19][20]

Các tác dụng phụ rất phổ biến (> 10%) bao gồm:

Các tác dụng phụ thường gặp (tỷ lệ 1-10%) bao gồm:

Zonisamide và các chất ức chế anhydrase carbonic khác như topiramate, furosemide và hydrochlorothiazide đã được biết là can thiệp vào amobarbital, dẫn đến gây mê không đủ trong quá trình thử nghiệm Wada.[21] Zonisamide cũng có thể tương tác với các chất ức chế anhydrase carbonic khác để tăng khả năng nhiễm toan chuyển hóa.[1]

Ngoài ra, sự chuyển hóa của zonisamide bị ức chế bởi ketoconazole, ciclosporin, miconazole, fluconazole và carbamazepine (theo thứ tự giảm dần) do tác dụng của chúng đối với enzyme CYP3A4.[22]

Zonisamide không được biết là có tác dụng ức chế enzyme cytochrom P450 khi có mặt ở nồng độ trị liệu.[23]